虽然我国的内河航运发展有着先天的优势，但是，与发达国家相比，我国的内河航运在软硬件方面存在许多不足。软件方面主要有：

（1）运力过剩，结构不平衡，从船种看，常规干散货运船比例过高，且严重过剩，而油船、集装箱船及其它特种运输船相对较少；

（2）交易不规范，恶性竞争，亏损严重；

（3）内河航运企业管理水平较低；

（4）管理体制不合理及法制不健全，目前实行按行政区域分治，导致分工不明，政出多门，管理缺乏法律依据，法规制度相互矛盾。

硬件条件的不足也限制了内河航运的发展，体现在：

（1）内河航道等级偏低，高等级航道里程较短，千吨级以上航道里程仅8821km；

（2）坝闸碍航，破坏了通航河流的连续性，造成货物翻坝中转，增加了运输的金钱和时间成本；

（3）运输船舶的大型化、标准化和复合化较低；

（4）内河航运信息化建设程度较低，例如珠江防抗雷雨大风气象信息系统除桂林漓江建立起覆盖全河外，其它干流、支流还没有建立。

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